Een magnetron is doorgaans gemaakt van kunststof en/of roestvrij staal. Dit maak je het beste schoon met een simpele allesreiniger en een krasvrije doek of een sponsje. Lees sowieso wel de gebruiksaanwijzing van je apparaat om te voorkomen dat je een schoonmaakmiddel gebruikt dat materialen aantast. Kijk ook uit bij de luchtroosters: voorkom dat er via deze roosters water of sop in het apparaat terechtkomt.

Een combimagnetron schoonmaken kan soms een flinke klus zijn, vooral als je iets met de ovenstand hebt bereid en er sausspetters zijn ingebrand op de zijkanten en de bodem. Veel moderne magnetrons hebben tegenwoordig een zelfreinigingsfunctie: zo kun je snel een (combi)magnetron schoonmaken. Ingebrand voedsel en ander hardnekkig vuil kun je alsnog verwijderen met een simpele truc: zet een glazen kom met water en enkele schijven citroen (of een paar eetlepels azijn) in de magnetron. Verwarm dit een minuut of tien op 800 watt. Haal (voorzichtig en met een ovenwant) de schaal eruit en maak vervolgens de binnenkant schoon met een droge doek.

Bij ernstige aanslag kun je ook een ovenreiniger gebruiken. Let op: gebruik dit niet wanneer de binnenkant van de magnetron zelfreinigend is. Check dus eerst de gebruiksaanwijzing van je apparaat voordat je met dergelijke krachtige reinigers aan de slag gaat!